В 1387 году Литва приняла крещение, а Вильнюс по этому случаю получил Магдебургское право самоуправления. Возникла необходимость в строительстве здания для городских властей. Поскольку в этом месте располагалась главная городская площадь, здесь и было решено построить ратушу. В здании обосновался магистрат (городской совет), а также залы для суда, казначейство, архив, склад оружия и амуниции и помещения, где хранились эталоны мер. В подвалах находилась тюрьма.
Здание ратуши сначала было готическим, но неоднократно изменялось. В последний раз оно было перестроено архитектором Лауринасом Гуцявичюсом в конце XVIII века. Мастер придал ратуше характерный для классицизма вид. В XIX веке ратуша была превращена в городской театр, в котором премьерной постановкой собственной оперы “Галька” дирижировал знаменитый польский композитор Станислав Монюшко.
В XX веке в здании действовал Художественный музей. Сегодня вильнюсская ратуша служит репрезентационным целям. В ратуше проходят концерты, литературные вечера, презентации книг, выставки и фестивали. Фронтон здания украшает герб Вильнюса – святой Христофор с младенцем Иисусом на плече.