Снаружи строгая готическая архитектура, внутри – мягкие арки и феерия цветов модернистской полихромии Станислава Выспяньского, авторству которого принадлежат восемь уникальных витражей.

Строительство костела, предназначенного для францисканского ордена, началось, благодаря поддержке князя Болеслава Стыдливого, правителя, которому Краков обязан местоположением в 1257 году. В костеле покоится сестра князя – блаженная Саломея, а также сам монарх. Частые изменения вида здания, его формы и обстановки, связаны, в частности, с несколькими пожарами. Исключительную атмосферу Францисканского костела сегодня создают произведения Станислава Выспяньского (период «Молодой Польши») – по его проекту созданы прекрасные витражи и полихромия. Росписи на стенах пресвитерия и поперечного нефа образуют главные геометрические и растительные мотивы – популярные польские цветы. В окнах пресвитерия художник разместил витражи, представляющие четыре стихии и фигуры блаженной Саломеи и св. Франциска. Над всем костелом доминирует, находящийся над главным входом витраж Бог-Отец в момент сотворения мира.

В часовне Страстей Господних (справа от главного нефа) с 1620 года проходят богослужения Архибратства Страстей Господних. Браться соблюдают давние традиции: в каждую пятницу Великого поста одетые в черные рясы с закрывающими лицо капюшонами они совершают страстное богослужение, т.н. иерусалимский крестный ход. Двое самых старших по возрасту братьев несут поднятые на древках черепа мужчины и женщины. Тогда кажется, что время повернулось вспять на несколько столетий…

К костелу прилегает монастырь. Согласно легенде Ядвига Анжуйская (в 1384 году коронована королем Польши) здесь тайно встречалась с герцогом Вильгельмом династии Габсбургов, за которого она должна была первоначально выйти замуж, до того, как ее руку было обещано отдать Владиславу Ягайло. В 2005 году в монастырских арочных галереях открыли портрет Кароля Войтылы в папском одеянии. Будущий папа римский очень часто молился во Францисканском костеле – об этом напоминает специально обозначенная скамья, которой он пользовался, когда в титуле архиепископа Кракова жил в расположенном на противоположной стороне улицы Францисканской Епископском дворце.

Заслуживает внимания:
- окруженная культом икона Скорбящей Богородицы, называемой Печальной благодетельницей Кракова (в часовне слева)
- готические арочные галереи с элементами полихромии той эпохи
- галерея портретов краковских епископов с XV века (в арочных галереях)